Más allá de la Plaza de Armas y Regocijo está la alta iglesia de San Francisco. Grande, austero, contiene un coro de cedro finamente tallado. Varias pinturas instaladas a lo largo del claustro representan la vida de San Francisco de Asís. El claustro del convento tiene altos árboles rodeados de bellas arcadas moriscas. En las criptas, se apilan los huesos, probablemente los de los primeros franciscanos que se establecieron en el Cusco.